در كردستان و لرستان نواحى مختلفى را از دست داد و در سال 993 / 1585 حتى تبريز هم از دستش رفت . اين فجايع نظامى در نهايت بدانجا منتهى شد كه نزاعهاى مصيبت‌بار بين گروههاى مختلف قبايل قزلباش به پايان رسد و يا دست‌كم فعلا كنار گذاشته شود . بسان گذشته ، علائق مختلف قبيله‌اى عاملى مهم در انگيزش عمليات امرا بود . آنها كاملا به علائق امپراتورى توجهى نداشتند و بر اين مبنا بود كه پيشينيان آنها عمل مىكردند و نقش عمده بر عهده داشتند و حال موجوديت آنها در خطر بود . گرايشها و رفتارهاى آنها طبيعتا عواقبى بر تحولات نظامى داشت و وضع را بدتر از بد مىكرد . خطرناكتر از همه شورش كردستان بود كه در سال 989 / 1581 اين ايالت را موقتا از حكومت مركزى در قزوين منتزع ساخت . به منظور درك اين وقايع بايد يادآورى كرد كه در چارچوب تشكيلات صفوى بعضى از امراى قزلباش بودند كه به همراهى قبايل و يا گروههائى از پيروان قبيله‌اى خود از سوى حكومت مركزى حاكم و يا والى بودند و اقتدار خويش را از طرف حكومت مركزى اعمال مىكردند . بعضى ديگر از ايالات هم به شاهزادگان سپرده مىشد تا وظايفشان را در معيت امراى تركمان كه عنوان محافظ يا اتابك آنها را داشتند ، به انجام رسانند . از اينرو محمد خدابنده هم قبل از جلوس به تخت سلطنت ، حكومت شيراز را داشت . اين مقام هيجده ماه بعد از تولد فرزند او عباس در اول رمضان 978 / 27 ژوئيه 1571 به وى واگذار شد ، درحاليكه هرات به شاهزاده تازه تولد يافته اختصاص يافت و او از آن زمان به بعد به حكومت در آن پرداخت . خراسان كه در آن روزگار افغانستان امروزى را نيز در شمول خود داشت ، داراى دو مركز مشهد و هرات بود . اهميت اين سرزمين و ارزشى كه براى صفويان داشت از يادآورى جنگهاى اوليه شاه طهماسپ با ازبكان برمىآيد . گفتنى است كه خراسان در نتيجه دورى از مناطق مركزى ايران كه تنها ارتباط آن با مركز ايران باريكه راه دامنه كوههاى البرز و كوير بود ، همواره گرايشهاى گريز از مركز در تاريخ ايران داشت . اين مركز گريزى حال جلوه‌اى ديگر يافته بود ، چون گروه شكست‌خورده نزاعهاى خونبار قبايل تركمان درصدد انتقام‌كشى از خويشاوندان گروه پيروزمند در نواحى ديگر برمىآمدند . زمانيكه اتحاد تركمانان و تكلوها بر اتحاد شاملوها و استاجلوها در دربار چربيد ، اين برخوردها به اوج شدت خود رسيد . مردى كه اتابك عباس ميرزا شد عليقلى خان شاملو بود كه اصلا شاه اسماعيل دوم او را حاكم هرات كرده و فرمان قلع شاهزاده مزبور را به دو ارسال كرده بود . امّا هنگاميكه عليقلى خان شاملو